Atskirą Istorijos skyriuje saugomą muziejinių vertybių grupę sudaro turtingas spaudų, signetų, gemų (kamėjų), taip pat antspaudų lake, popieriuje rinkinys. Tai beveik 4 tūkstančiai išskirtinių kultūros paveldo objektų. Reikšminga rinkinio dalis – išlikusi Vilniaus senienų muziejaus spaudų kolekcija, kurią sudaro bronziniai, geležiniai XVI–XVIII a. Lietuvos miestuose veikusių cechų, Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės bažnyčių, vienuolynų, vyskupų spaudai. Taip pat Lietuvos valstybės institucijose, miestų įstaigose, įvairiose organizacijose, draugijose, mokyklose naudoti spaudai. Tarp unikaliausių muziejinių vertybių yra Vilniaus siuvėjų ir Kauno stiklių ir račių cechų spaudai, Lietuvos Didžiosios kunigaikštystės iždo spaudas, datuojamas XVIII a., Vyskupų Juozapo Mykolo Karpio ir Antano Dominyko Tiškevičiaus spaudai. Taip pat XIX a. sukilėlių naudoti spaudai ir antspaudai.