Numizmatikos skyriaus, įkurto 1967 m., rinkiniuose, 2023 m. sausio 1 d. duomenimis, saugoma per 217 tūkstančių muziejinių vertybių: numizmatika (monetos, lydiniai), paslėptų ir pamestų pinigų kompleksai (sidabro laužo, lydinių, monetų ir popierinių pinigų lobiai, piniginių turiniai), medaliai (tarp jų – religiniai ir blaivybės medaliukai), faleristika (ordinai, apdovanojimo medaliai ir garbės ženklai), filofaleristika (suvenyriniai ženkleliai) ir kitokio pobūdžio žymenys bei ženklai, bonistika, vertybiniai popieriai, draudimo lakštai, loterijos bilietai, žyminiai ir įvairių kitų rinkliavų ženklai, apyvartiniai ir skaičiavimo žetonai, telefono, bankų, nuolaidų ir kitos kortelės, plombos (švininiai antspaudai), taip pat muziejinės vertybės, susijusios su išvardytų objektų gamyba (eskizai, projektai, modeliai, spaudai ir pan.). Muziejinės vertybės apima laikotarpį nuo Antikos iki šių dienų.

Tai didžiausias numizmatikos rinkinys Lietuvoje, jį sudaro XX a. Lietuvoje veikusių ir Lietuvos nacionaliniam muziejui perduotų Ivano Luckevičiaus baltarusių istorijos ir etnografijos muziejaus, Karaimų, Vilniaus miesto kraštotyros, Ateizmo, Revoliucijos, Architektūros muziejų, Lietuvių mokslo ir Lenkų mokslo bičiulių draugijų numizmatikos rinkiniai bei numizmatika, perimta iš Lietuvos mokslų akademijos bibliotekos, taip pat įsigytos ir dovanotos privačios kolekcijos, lobiai, pavienės dovanos, įvairių įstaigų nemokamai perduotos muziejinės vertybės, archeologinė medžiaga. Saugomos kelios muziejinės vertybės iš Senienų muziejaus rinkinių.