Istorijos skyriaus rinkiniai apima daugiau nei 327 tūkstančius muziejinių vertybių, atspindinčių Lietuvos istoriją nuo valstybės susiformavimo iki šių dienų. Didelė dalis svarbiausių artefaktų šiuos laikus pasiekė iš dar 1855 m. įsteigto Senienų muziejaus kolekcijų. Savo metu jos atspindėjo Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės politinę, socialinę ir kultūrinę raidą. Karų ir ilgai trukusių okupacijų metu nemaža dalis senosios kolekcijos buvo pagrobta, išblaškyta, sunaikinta. Besikeičianti politinė situacija nulėmė, jog dabartiniame Lietuvos nacionalinio muziejaus Istorijos skyriuje yra ypatingų muziejinių vertybių iš įvairių laiko tėkmėje pranykusių muziejų bei kolekcijų rinkinių, kaip Lietuvos mokslo ir Mokslo bičiulių draugijos, Baltarusių muziejaus, Vilniaus kraštotyros muziejaus, Lietuvos valstybės ir Religijų istorijos muziejų. Skyriaus rinkiniai kasmet pasipildo beveik tūkstančiu naujų muziejinių vertybių, kurios liudija mūsų šalies visuomenės gyvenseną ir leis su ja susipažinti ateinančioms kartoms.