Numizmatikos skyriaus, įkurto 1967 m., rinkiniuose, 2023 m. sausio 1 d. duomenimis, saugoma per 217 tūkstančių eksponatų: numizmatika (monetos, lydiniai), paslėptų ir pamestų pinigų kompleksai (sidabro laužo, lydinių, monetų ir popierinių pinigų lobiai, piniginių turiniai), medaliai (tarp jų – religiniai ir blaivybės medaliukai), faleristika (ordinai, apdovanojimo medaliai ir garbės ženklai), filofaleristika (suvenyriniai ženkleliai) ir kitokio pobūdžio žymenys bei ženklai, bonistika, vertybiniai popieriai, draudimo lakštai, loterijos bilietai, žyminiai ir įvairių kitų rinkliavų ženklai, apyvartiniai ir skaičiavimo žetonai, telefono, bankų, nuolaidų ir kitos kortelės, plombos (švininiai antspaudai), taip pat eksponatai, susiję su išvardytų objektų gamyba (eskizai, projektai, modeliai, spaudai ir pan.). Eksponatai apima laikotarpį nuo Antikos iki šių dienų.

Tai didžiausias numizmatikos rinkinys Lietuvoje, jį sudaro XX a. Lietuvoje veikusių ir Lietuvos nacionaliniam muziejui perduotų Ivano Luckevičiaus baltarusių istorijos ir etnografijos muziejaus, Karaimų, Vilniaus miesto kraštotyros, Ateizmo, Revoliucijos, Architektūros muziejų, Lietuvių mokslo ir Lenkų mokslo bičiulių draugijų numizmatikos rinkiniai bei numizmatika, perimta iš Lietuvos mokslų akademijos bibliotekos, taip pat įsigytos ir dovanotos privačios kolekcijos, lobiai, pavienės dovanos, įvairių įstaigų nemokamai perduoti eksponatai, archeologinė medžiaga. Saugomi keli eksponatai iš Senienų muziejaus rinkinių.

1997 m. iš muziejaus numizmatikos rinkinio buvo išskirtos monetos, kurių radimo vieta yra žinoma, ir archeologinių tyrimų metu rastos monetos. Kitą jo dalį sudaro kolekcinės monetos, privatūs ir panaikintų muziejų bei draugijų monetų rinkiniai. Medžiaga apima laikotarpį nuo Antikos iki šių dienų, saugomos įvairių pasaulio šalių apyvartinės, proginės, suvenyrinės monetos, monetų rinkiniai ir monetų klastotės, taip pat XI–XIX a. lietuviški, rusiški, japoniški sidabro lydiniai, trys XVII–XVIII a. švediškos 2, 4 ir 8 dalerių plokštės. Kryptingai pildoma Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės numizmatikos kolekcija, kaupiama šiuolaikinių Lietuvos monetų kolekcija, kurios pagrindą sudaro Lietuvos banko perduodamos monetos, taip pat lituanistikos objektai – užsienio šalių monetos, susijusios su Lietuvos istorija.