Numizmatikos skyriaus, įkurto 1967 m., rinkiniuose, 2023 m. sausio 1 d. duomenimis, saugoma per 217 tūkstančių eksponatų: numizmatika (monetos, lydiniai), paslėptų ir pamestų pinigų kompleksai (sidabro laužo, lydinių, monetų ir popierinių pinigų lobiai, piniginių turiniai), medaliai (tarp jų – religiniai ir blaivybės medaliukai), faleristika (ordinai, apdovanojimo medaliai ir garbės ženklai), filofaleristika (suvenyriniai ženkleliai) ir kitokio pobūdžio žymenys bei ženklai, bonistika, vertybiniai popieriai, draudimo lakštai, loterijos bilietai, žyminiai ir įvairių kitų rinkliavų ženklai, apyvartiniai ir skaičiavimo žetonai, telefono, bankų, nuolaidų ir kitos kortelės, plombos (švininiai antspaudai), taip pat eksponatai, susiję su išvardytų objektų gamyba (eskizai, projektai, modeliai, spaudai ir pan.). Eksponatai apima laikotarpį nuo Antikos iki šių dienų.

Tai didžiausias numizmatikos rinkinys Lietuvoje, jį sudaro XX a. Lietuvoje veikusių ir Lietuvos nacionaliniam muziejui perduotų Ivano Luckevičiaus baltarusių istorijos ir etnografijos muziejaus, Karaimų, Vilniaus miesto kraštotyros, Ateizmo, Revoliucijos, Architektūros muziejų, Lietuvių mokslo ir Lenkų mokslo bičiulių draugijų numizmatikos rinkiniai bei numizmatika, perimta iš Lietuvos mokslų akademijos bibliotekos, taip pat įsigytos ir dovanotos privačios kolekcijos, lobiai, pavienės dovanos, įvairių įstaigų nemokamai perduoti eksponatai, archeologinė medžiaga. Saugomi keli eksponatai iš Senienų muziejaus rinkinių.

Rinkinyje saugomi Lietuvos, Lenkijos, Rusijos, Vokietijos XVI a. – XXI a. pradžios atminimo medaliai ir žetonai, taip pat religiniai medaliukai (daugiau kaip 1000 vnt.) iš perimtų muziejų rinkinių, įsigyti iš privačių kolekcijų, atsitiktiniai radiniai ir radiniai iš archeologinių tyrimų.

Seniausias eksponatas, sietinas su LDK istorija, – gaisre apsilydęs Stepono Batoro sidabrinis medalis, skirtas Polocko ir Livonijos atsiėmimui atminti (1582), rastas archeologinių tyrimų metu Vilniuje. Tarp lituanistinių XVII–XIX a. medalių išskirtinas auksinis medalis, skirtas Vilniaus universiteto įkūrimo 250 metų ir atkūrimo 25 metų sukaktims paminėti (1828, dail. Fiodoras Tolstojus). Vertingiausi XX a. eksponatai – diplomatams Stasiui Lozoraičiui ir Stasiui Lozoraičiui jaunesniajam, prof. Vytautui Landsbergiui priklausę medaliai ir prezidento Valdo Adamkaus jo prezidentavimo laikotarpiu (1998–2003) dovanų gauti medaliai. Rinkinys nuolat pildomas šiuolaikinių medalininkų darbais istorine tematika, įsigyta medalių, skirtų Sausio 13-ajai, Lietuvos vardo tūkstantmečio, Žalgirio mūšio ir Žemaičių krikšto sukaktims, poeto Kristijono Donelaičio gimimo 300 metų jubiliejui paminėti, Lietuvos valstybės atkūrimo šimtmečiui.